医療法人を詳しくご紹介するには、「個人開業医との違い」をご説明すればわかりやすいです。 まず、下記は、クリニックの収益と個人所得、そして税金に関する違いです。
個人の所得は、超過累進税率、最高55％で課税されますが、 法人は、一律2段階税率で課税され、法人税率、最高25．5％のため適用税率の比較で、医療法人が有利になります。 医療法人は、院長及び院長夫人は、医療法人から給与を受け取ることで所得が分散されるため、トータルで節税が期待できます。
| 項目 | 個人開業医 | 医療法人 |
| 開設者 資産負債の帰属 保険医療機関 納税義務者 |
院長個人 | 医療法人 |
| 税金 | 所得税・住民税（消費税） | 法人：法人税・法人市民税・事業税（消費税） 個人：所得税・住民税 |
| 事業年度 | 1月1日〜12月31日 | 任意に定められた事業年度 ※都道府県によっては定められている |
| 申告期限 | 翌年3月15日 | 事業年度終了の日から2カ月以内 |
| 納税地 | 診療所の所在地もしくは院長の住所地 | 主たる事務所の所在地（診療所の所在地） |
個人開業医は、1月1日から12月31日までの所得を翌年の確定申告時期（2月16日〜3月15日まで）に申告納付しなければなりませんが、 医療法人の場合、定款に定めた決算期から2か月以内に申告納付することになります。 医療法人は、法人に利益に対して法人税が課せられ、理事長、理事は、給与所得者として所得税が課せられます。
